我們先來拆解系名：生物環境系統工程。生物環境中最重要的要素是水跟土壤，關係著生物是否適合生存，所以生工系把生物環境重點放在水土資源的保育上。系統代表由許多元素所構成，構成生物環境系統的有生物（包含人）及非生物（水、土）元素，彼此在系統中互相影響。最後，用工程方法來解決問題。
綜合以上所述，生工系的目的便是培育「建構永續環境的工程師」：從水土資源保育切入，了解生物與環境的關係後，探究如何用工程手段建構對生物友善的永續環境。因此我們可以將系上領域分成兩大類、課程安排分成三大類：
水土資源工程
著重在水土資源的保育，因此水的流動、土壤與環境的關係、運用工程保育水土資源，都是我們需要學習的。相關必修如流體力學、水文學、水資源工程、環境化學等，選修有灌溉與排水工程、應用水文學等。
*大學部必修課多著重在此，特別是「水」的部分。
生態環境規劃
環境中的生物（包含人）及非生物（水、土）元素如何互相影響決定著永續環境的成敗，探究個別元素的關係、如何建立整個系統、從中找出合適的生態環境便是這領域的重點。相關必修如環境系統分析、生態學，選修有氣候變遷與環境生態、河川生態學等等。
*生態（研究生物與環境相互關係）部分目前在系上較不完整，僅有1、2位教授領域著重在此，相關課程只有生態學等少數幾門課。
工程方法
工程師還需要工程上的基本工具才能解決問題，所以必修有統計學、工程數學、空間資訊等基礎數理工具，選修有工程經濟、類神經網路、微氣候、建築環境控制等進階課程。
綜合以上所述，生工系的目的便是培育「建構永續環境的工程師」：從水土資源保育切入，了解生物與環境的關係後，探究如何用工程手段建構對生物友善的永續環境。因此我們可以將系上領域分成兩大類、課程安排分成三大類：
水土資源工程
著重在水土資源的保育，因此水的流動、土壤與環境的關係、運用工程保育水土資源，都是我們需要學習的。相關必修如流體力學、水文學、水資源工程、環境化學等，選修有灌溉與排水工程、應用水文學等。
*大學部必修課多著重在此，特別是「水」的部分。
生態環境規劃
環境中的生物（包含人）及非生物（水、土）元素如何互相影響決定著永續環境的成敗，探究個別元素的關係、如何建立整個系統、從中找出合適的生態環境便是這領域的重點。相關必修如環境系統分析、生態學，選修有氣候變遷與環境生態、河川生態學等等。
*生態（研究生物與環境相互關係）部分目前在系上較不完整，僅有1、2位教授領域著重在此，相關課程只有生態學等少數幾門課。
工程方法
工程師還需要工程上的基本工具才能解決問題，所以必修有統計學、工程數學、空間資訊等基礎數理工具，選修有工程經濟、類神經網路、微氣候、建築環境控制等進階課程。